木宮の先で東海道本線は丹那トンネルに入り、それを抜けると左手に展望が開けます。ゆるやかに左へカーブを描くと、在来線ではJR東海で最初の駅、函南になります。
島式ホームを持つ駅で、跨線橋で改札口と連絡しています。1面2線が基本ですが、その両脇に通過線があり、また待避線が設けられています。当駅発着の列車があるわけでもないのにこれだけの設備があるのも不思議ですが、長大トンネルである丹那トンネルにおける非常時への備えでしょうか。
駅舎は木造平屋建ての古いものですが、大きくリニューアルされており、オレンジ色の屋根と3つのファサードが目に映ります。内部には、改札とつながった「みどりの窓口」および自動券売機があり、また売店が営業しています。駅の北側には東海道新幹線が走っていますが、意外にもさほど大きな通過音は聞こえてこず、シュンシュンという甲高い風切り音がときどき耳に届きます。
駅前には広場が整備されており駐車場と成っていますが、住居はあまりなく静かです。また、近くに「新幹線」という名の集落があることでも有名。なお、函南町の中心地は、伊豆箱根鉄道駿豆線の大場（同駅は三島市内）付近です。