かつて一大貨物駅として広大な敷地を誇った清水駅ですが、貨物営業の縮小と駅周辺再開発によって、駅はずいぶん小さくなりました。今なお側線がたくさん走っていますが、留置線として使われている模様です。
島式ホーム1面2線と橋上駅舎という、ここだけ見れば非常にシンプルな駅ではあります。
改札口はホームの上にあり、自動改札機が設置されています。
駅に通じている東西自由通路は、両サイドがガラス貼りになっています。駅舎に続いて屋根は大きく曲線を描いており、天井がずいぶんと高くなります。漁業の町清水ゆえに船舶をイメージしたものでしょうか。
駅の西口は昔からの商店街が広がっています。一方駅の東口は開発途上の土地が多いのですが、その東側には石油化学工場が立地しています。