ここから系統別複々線になります
2面4線から成る高架駅です。東京方面からの総武快速線と、御茶ノ水方面からの総武緩行線が合流する駅で、この錦糸町から東側では快速線と緩行線の複々線となります。このため、錦糸町で快速と各駅停車を乗り換える人が多いのですが、快速線と緩行線が別々の島式ホームを持つ系統別複々線になっているため、乗り換えの際にはいったん地平のコンコースに降りて再度ホームに上る必要があります。甚だ不便な構造ですが、これは錦糸町駅以東各駅でも同様です。
コンコースを挟んで南側と北側にそれぞれ改札口が設けられています。自由通路がないため、南北を行き来するには、駅の東側を通る四ッ目通りに回ることになります。
改札外高架下およびその脇に、駅ビル「テルミナ」が入っています。駅周辺一帯は、終戦直後から下町の繁華街として知られており、特にマルイ錦糸町店の南側一帯には、安価な食堂や飲み屋がずらりと並んでいます。
駅の北側には錦糸公園が整備され、区民の憩いの場となっているほか、そごうが撤退したのちに再開発が進行しています。駅の東側には横十間川が流れており、水上バスの乗り場があります。