2面2線の地平駅で、相対式ホームと通過中線から成ります。ホームはゆったりしているのですが、中線の分岐が駅ホームに入ってからと、ずいぶん窮屈な印象を受けます。上下の乗り場は完全に分離していて改札も別個になっており、両ホームを連絡する地下道や跨線橋などはありません。改札はいずれも曳舟方に1個所ずつ設けられています。
駅舎は下りのほうがメインとなっており、民家風の駅本屋と開口部の大きな屋根が印象的です。駅のすぐ南側（曳舟方）の踏切がえらい大仰なのですが、無理な横断が多いのでしょうか。
駅前には、ちょっとした広場ができています。周辺は小商店街となっており、下町らしい庶民的な個人商店が多く目に付きます。なお、鐘ヶ淵の名を知らしめた鐘淵紡績（後のカネボウ）の工場跡は、次の堀切が最寄り駅です。