高架上に島式ホーム1面2線が設けられている駅で、外側の急行線にはホームはありません。
梅島駅に特徴的なこととしては、長い島式ホームの北千住方を上り線が、東武動物公園方を下り線が用いるという、いわば千鳥型島式ホームともいうべき変則的な形態を取っていることがあげられます。ホームのうち使われていない部分、すなわち北千住方の下り線側（南西側）および東武動物公園方の上り線側（北東側）には壁が設けられています。
出口はホームの中央にあるため、上下列車のいずれからも、最後部車両が出口に近いことになります。両方の乗り場には自由に行き来することができます。
改札は高架下にあります。駅のすぐ脇に東武ストアがあるほか、飲食店やマンションが並んでいます。足立区役所の最寄り駅でもあります。