北千住を出た東武の列車は、JR常磐線から少し東に離れて進み、荒川を渡ると、ほどなく小菅駅に到着します。ホームの南西側には首都高速中央環状線が横切っています。
高架の3階部分に島式ホームがあり、1面2線から成ります。複々線区間ですが、内側の緩行線をホームが挟み込む形になっており、外側の急行線にはホームはありません。ホームから東側には、小菅の代名詞ともなっている東京拘置所の建物が見えます。その反対側には、常磐線の高架を望むことができます。
改札は高架下にあり、ホームから階段を下りていくと、打ち放しのコンクリートブロックが見え、なんとも殺風景です。
駅前には細い道路が走っており、その前後には小ぶりな民家がぎっしり並んでいます。常磐線側にはマンションも見られますが、駅を見ても商店はほとんどありません。高架下の駐輪場には多数の自転車が並んでいるので、それなりの利用者はあるのでしょうが、どうにも生活感に乏しい駅ではあります。