外房線と内房線の分岐駅であるとともに、東京方面からの京葉線の終着駅でもあり、また京葉臨海鉄道（貨物専用鉄道）の分岐駅でもあるため、構内が広く乗り換え客も多数ある駅です。
地平ホーム島式3面6線と、その上に橋上駅舎が設けられるというスタイルになっています。改札は1個所のみで、改札内には飲食店が入る駅ナカ施設「Dila蘇我」があります。
改札を出ると、東西にそれぞれ出口が設けられています。交通の要衝でもあるため側線が非常に多く、このため西口はかなり長い跨線橋を渡ることになります。
駅の東口周辺は商業地域となっており、駅前ロータリーを中心にビルが建ち並んでいますが、なぜか駅名を示す表示がなかなか見あたらず、遠目には駅が判別しにくくなっています。
いっぽう駅の西口にはJFEスチールの製鉄所があるほか、同社の関連施設が多数立地しており、旧川崎製鉄時代に企業城下町であった時代の雰囲気が色濃く残っています。しかし現在では「副都心・蘇我臨海開発プロジェクト」による再開発が進行中で、巨大なショッピング街「ハーバーシティ蘇我」がオープン、風景が大きく変わりつつあります。
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当地には、ヤマトタケルの妻であるオトタチバナヒメが海神の怒りを静めるために身を海に投じたものの、奇跡的に助かり「我、蘇り」と言ったことから蘇我の地名がついたという伝承があり、木更津や君津との関連が推測されます。古代の渡来系有力氏族であった蘇我氏との関係は不明。なお、駅から南へ徒歩15分ほどのところに古社「蘇我比咩（そがひめ）神社」があります。
房総鉄道の暫定的な始発駅として1896年1月に開業したのが始まりで（蘇我－大網が最初に開通）、同年2月25日には千葉までの区間が開通、これが外房線の原型となりました。1907年9月の国有化ののち、1912年3月28日には木更津線（現・内房線）が姉ヶ崎まで開通、これにより両系統の分岐駅となりました。
戦後、川崎製鉄千葉製鉄所が開設されて工業が操業を開始すると貨物輸送需要が増大、1963年9月16日には京葉臨海鉄道が、また1975年5月10日には国鉄京葉線の千葉貨物ターミナル（現在は休止、稲毛海岸と千葉みなとの中間に位置）－蘇我がそれぞれ開通して貨物営業を開始、貨物輸送の一大拠点となりました。さらに、1988年12月1日には京葉線の東京側が新木場まで開通したのを契機に旅客営業を開始、東京方面への分岐駅ともなり、現在にいたっています。
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