2面4線のホームを持つ、阪神間標準のスタイルの駅です。駅舎は橋上で、屋根に鴟尾をのせ、柱や壁とのコントラストを強くしたデザインは、長岡宮の大極殿を意識したものとなっています。
駅の西側はバスターミナルで、周囲は商店と住宅がびっしり並んでいます。東口には工場が多くなっていますが、農地もかなり見られます。
駅名のベースとなっている長岡京市は、長岡町が1972年に市制を施行する際に改名しています。なお、駅舎のモデルとなっている大極殿のあった長岡宮跡は、長岡京市内ではなく向日市内にあり、最寄り駅も阪急京都線の西向日です。