島式ホーム2面4線から成る高架駅です。天満橋から続いている複々線区間は、萱島駅よりやや枚方市方にある寝屋川信号所までとなっているため、この萱島駅は運転系統上の拠点となっており、この駅で折り返す列車が多数設定されています。
萱島駅の名物は、上りホームから屋根を突き抜けているクスノキ（推定樹齢700年）です。もともと萱島神社のご神木で、高架複々線工事の際に当初伐採される予定だったところ、保全の声があがり取り残されることになったものです。なお、萱島神社は、現在は駅の高架下に収まっています。
駅前は非常に狭く、広場のようなものは設けられていません。駅の周辺には住宅地が広がっています。
なお、この萱島から先の区間では、駅間距離がしだいに長くなっていきます。