相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。出口は淀屋橋方面行きホームに面しており、両ホームの間は地下道で連絡しています。このほか、三条方面行きホームにも自動改札機が設置されていますが、こちらはJR東福寺駅の橋上駅舎へ通じています。JR奈良線東福寺駅とは、かつて京阪三条方面行きはホームを共用していましたが、現在は完全に分離されています。
駅を出て正面は狭い通路になっており、駅前広場、あるいは駅前商店街と呼べるものは特に形成されていません。駅を出てすぐには古めかしい個人商店が建ち、時代を遡ったような感覚になりました。
なお、駅名となっている東福寺へは、隣の鳥羽街道駅のほうが近くなっています。