相対式ホーム2面2線から成る駅です。かつては、上りホーム1面2線（うち1線は行き止まり式の折り返し専用）、下りホーム1面1線が平行する地平駅でした。上下線とも、階段を使うことなくすぐにホームへ到達できます。
上り線には三角屋根の特徴的な駅舎があります。競馬場の最寄り駅で波動客が多いこともあり、臨時切符売り場が大きな面積を取っていることに特徴があります。
2006年4月16日のダイヤ改正にあわせて、下りホームが三条方面へ約300m移設されました。これは、淀駅付近で行われている高架化工事に伴うものです。
京都競馬場が駅からすぐのところにあり、競馬開催日には多数のギャンブラーであふれます。
なお、淀の周辺はまとまった集落がないため、駅間距離の短い京阪の中では珍しく、隣接する八幡市までは3.2km、中書島までは4.7kmもの間隔があります。また、駅に近接して車庫が設置されています。